Aktionäre der Helsana AG sind die beiden Stiftungen Fondation Sana und Artisana. Fondation Sana hält einen Anteil von 79 Prozent des Aktienkapitals von CHF 70 Mio. Der Stiftungsrat besteht aus 21 Mitgliedern und einem Ausschuss mit sieben Mitgliedern. Die Stiftung Artisana hält einen Anteil von 21 Prozent des Aktienkapitals und wird von einem Stiftungsrat mit fünf Mitgliedern geleitet.
Helsana hält keine Beteiligung an börsenkotierten Gesellschaften, die zu ihrem Konsolidierungskreis gehören, und hat keine Kreuzbeteiligung, bei welcher auf beiden Seiten die kapital- oder stimmenmässige Beteiligung einen Grenzwert von fünf Prozent überschreitet. Per 1. Oktober 2022 übernahm Helsana die Aktien der Aviga AG, einer gemeinsamen Beteiligungsgesellschaft der Helsana-Gruppe und der Swiss Life-Gruppe, zu 100 Prozent. In einem weiteren Schritt wird die Aviga AG in die Health & Medical Service AG (HMS AG) integriert, die zu 100 Prozent von Helsana gehalten wird. Die Integration von Aviga AG in die HMS AG erfolgt im Laufe des Jahres 2023.